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　　凝胶过滤色谱的原理主要基于分子在凝胶颗粒中的扩散和筛分作用。当样品溶液通过凝胶色谱柱时，不同大小的分子会受到不同程度的阻碍。大分子物质由于直径较大，不易进入凝胶颗粒的微孔，因此沿凝胶颗粒间隙向下移动，流程较短，迁移速度快，路径较短，所以最先流出色谱柱；小分子物质除了可在凝胶颗粒间隙中扩散外，还可以进入凝胶颗粒的微孔中，即进入凝胶相内，向下移动的过程中，从一个凝胶颗粒内扩散到颗粒间隙然后再进入另一凝胶颗粒，如此不断地进入和扩散，小分子物质的下移速度落后于大分子物质，从而使样品中分子大的先流出色谱柱，中等分子的后流出，分子最小的最后流出，这种现象又称为分子筛现象。